La commune de Saint-Malo est située dans le nord-est de la Bretagne, sur le littoral de la Manche et sur la rive droite de l’estuaire de la Rance. Elle se trouve à 18 km au nord de Dinan, à 75 km au nord de Rennes et à 404 km de Paris.
Saint-Malo constitue la partie nord-ouest du Clos-Poulet, une large presqu’île délimitée par la Rance, la Manche et la dépression de Châteauneuf. À l’extrémité nord-est du Clos-Poulet, se trouve Cancale, qui ferme à l’ouest la baie du mont Saint-Michel. Le littoral du Clos-Poulet fait partie de la côte d’Émeraude, qui s’étend de Cancale aucap Fréhel.
Les communes limitrophes de Saint-Malo sont, au nord-est, Saint-Coulomb, à l’est, Saint-Méloir-des-Ondes, au sud-est et au sud, Saint-Jouan-des-Guérets, au sud-ouest et à ouest, sur la rive gauche de la Rance, Dinard, La Richardais et Pleurtuit.